I middelalderen var Fladstrand en lite klynge av fiskerhuse utenfor Fladbakke. Byen lå beskyttet bak Hirsholmene og var allerede i 1600 brukt som en marinebase og befestet med reduttar og krutt tårn. Fladstrand ble til Frederikshavn da kong Frederik VI bygget en stat havn i 1805, men først i 1818 fik byen kjøpmannsrettigheter.
Havnen ble en dynamo i det lite samfunn som raskt vokste til en travl havneby med skipsverft, motorfabrikk, frakt og ferger. I dag er havnen fortsatt byens sveiv i forretningsutvikling. Havneområdet er hjem til ca. 80 selskaper, med i alt 1800 arbeidsplasser innenfor fergeselskaper, verft, maritime tjenester og utvikling, skipsfart og fiskeri eksport.
Frederikshavns innbyggene er stolte av byen sin, til tross for store endringer de siste år. Byen har klart bevart sitt jyllandske særpreg med omgjengelig og varme mennesker, som alle er veldige hjelpsomme.