Paldiski er en havneby som ligger ved Østersjøen. Byen ligger på Pakru halvøy i nordvest Estland og ligger ca. 45 minutters kjørsel fra Tallinn. Opprinnelig var byen en svensk bosettelse, men den russiske marinebase overtok i 1800 tallet.
Russene omdøpte byen til Baltijyskiy Port (baltiske havn) i 1762 og Paldiski ble det offisielle navn i 1933. I 1962 ble byen et sovjet hær atmo submarine trenningssenter. Med to landbasert atomoreagerer og ansettelse av omkring 16.000 mennesker, ble det det største av sin slags i Sovjet Unionen.
På grunn av dens betyning ble hele byen lukket av med skarpe wire inntil den siste russiske krigsskip forlot i august 1994. Russland ga endelig opp kontrollen av atomosfasilitetene i september 1995. I dag er Paldiski dessuten også et trenningssenter for etiske fredsbevarende styrker.